Hasta poco antes, las autoridades militares que habían usurpado el poder el 6 de septiembre de 1930 lo habían mantenido preso en la isla Martín García en condiciones inhumanas que resintieron y agravaron su salud.
Fue el primer presidente argentino elegido por el sufragio popular. Yrigoyen había encabezado una lucha revolucionaria para que se reconociera el voto universal, secreto y obligatorio. Se lo considera, con razón, el fundador de la democracia moderna argentina.
Fue dos veces presidente de la República. Por primera vez entre 1916 y 1922 y fue reelecto en forma plebiscitaria en 1928 hasta que fue derrocado en 1930 por un golpe militar de orientación fascista.
En su gobierno se llevó a cabo la Reforma Universitaria de 1918, se crearon varias universidades nacionales en el interior y se dio un fuerte impulso a la educación primaria con la construcción de escuelas en todo el país lo que le permitió inaugurar una por cada día de gobierno.
Yrigoyen fue un defensor del federalismo y en repetidas ocasiones se vio obligado a intervenir provincias en las que se elegían gobernantes por el fraude.
Tuvo siempre un amplio y mayoritario apoyo popular. Su entierro fue apoteósico. Una multitud nunca vista acompañó sus restos mortales desafiando las medidas represivas que tomó el gobierno del general Justo, para impedirlo.
Vivió siempre en un marco de austeridad republicana en una humilde casa del barrio de Constitución (Brasil 1039) que fue saqueada, e incendiada el 6 de Septiembre de 1930, día infausto en que fue desalojado del gobierno.
Antes de llegar a la función pública poseyó una sólida fortuna formada en sus empresas agropecuarias, la que puso al servicio de sus actividades cívicas. Murió en la pobreza. Tanto como profesor, como cuando ejerció la presidencia, donó sus sueldos.
Fue un hombre ético que predicó siempre esa virtud como imprescindible en la vida política y que constituye uno de sus importantes legados a la doctrina de la Unión Cívica Radical.